从洞顶向下生长的，呈钟乳状或圆锥状的次生化学沉积物，称为"石钟乳"在地面从下往上长的呈笋状的次生化学沉积物，称为石笋。石钟乳与石笋上下连接起来的称为石柱。在侧壁上形成的形状如帏幕一样的称为石幔。
水洞洞穴的次生化学沉积物类型较为简单。但在某种意义上它具有特殊的地位和别具一格的特色。
在洞顶、洞壁和河岸两侧平台上所形成的各种石钟乳、石笋、石柱、石幔、石旗、石盾、流石坝、钙板和石花等等。
它们有的是由重力水沉积，形成的滴石类和流石类，也有的是由非重力水沉积而成的。
１、鹅管：这是石钟乳的最初形态，属滴石类，在国外称麦杆状钟乳石，它的直径与水滴一样大小。
２、石盾：这是因为它呈园盘状的盾形板石而得名。它是一种特殊的裂隙性水流形成的。
３、石笋：是由滴水作用形成的，因其形呈笋状而得名。
４、石柱：是石钟乳与石笋上下连接起来呈柱形而得名。
５、斜塔：这是一根歪斜的石笋。这根石笋原本是直立在岸边土层台地上的,因地下河水冲刷土层使台地坍塌,石笋也就倾斜了。据测定,这根石笋高3.5m,生长年龄在距今7.97万年至2.79万年之间，经历了5.18万年，其生长速度为每4年长6.76cm。
６、钟乳石吊石柱：它原是一根石柱，竖立在岸边土层台地上，后因地下河水把土层冲走，使石柱悬挂在洞顶而成。
７、石幔：洞壁上的石幔，是沿洞壁裂隙由连续不断的片状流水所形成的幔状沉积物而得名。
８、石瀑布：是连续不断的片状流水所形成的瀑布状的沉积物而得名。
９、悬石盘：底盘呈水平状盖板，中心有后生的鹅管，边缘有裙状流石或石钟乳。它们原来是小型石柱，立在岸边土层台地上，其底盘盖立台面土层上。后因地下河水将其基座上土层冲刷掉，使带有底盘的小石柱悬空而得此名。
10、北极宫：是洞中最大的一个呈厅堂状的洞道，高32m，宽50m，面积为3768.75平方米。如此宏伟的洞道主要是由于洞顶的岩层块状崩塌，使洞体空间增大所致。
11、"昆仑映雪"又名"大雪山"：是水洞中最大型的列队式堆状石笋，它的形成主要受脉岩的影响。
地壳深处的岩浆由于侵入到马家沟组石灰岩层中的裂隙里边，形成隔水层，对水洞的发育会起阻碍作用，并对洞道延伸的位置也有控制作用。
洞顶呈暗褐色的条带就是脉岩，它沿东西向分布，因脉岩不透水，地下河受阻。要穿过脉岩就得花费更大的能量，这样对脉岩周围的岩石就有更大的破坏，产生块状崩塌，使崩塌下来的岩块沿东西向呈列队式展布。后来由于包气带水流沿灰岩与脉岩的边界集中渗入，在其岩块上形成钙板，故沿分界线形成列队式的大石笋。
12、玉象戏水、太白神笔、天生桥......
水洞最古老的钟乳石是玉皇宫右岸距水面约18m的高台上小石笋的年龄最老，才十四万五千岁，还不到"万万岁"。
洞穴生物
一般在洞穴中的动物可分三种：一是真洞穴动物。这种动物只能在洞穴中生活，离开洞穴环境在洞外就失去了生存的能力。具代表性的此类动物有：盲鱼、盲鳅、蜘蛛和蚰蜒等。这类动物以眼睛明显退化或消失，有特殊的感应器官，缺乏色素，代谢较低，生长缓慢，繁殖能力差而寿命很长为其特征。
二是洞穴动物。这类动物的眼睛和体色发生了不同程度的变异，基本上能适应洞穴生活和繁衍后代。
三是拟洞穴动物。这类动物具有喜洞性，是一些暂居及季节性回洞内生活的动物。
水洞的洞穴生物目前在洞中发现的洞穴动物主要有：蝙幅、灶，这些动物多是从洞外迁入暂居的，或是在洞内已经适应了洞穴生马、马陆、蛾等。在地下河中见有鱼（白漂鱼）、虾和河蚌等。从动物的眼睛和体色等器官没有明显变化可以看出活环境而未达到遗传变异的拟洞洞穴动物。